1.精心组织，实现三校财务实质性整合
2000
年上半年，三校合并前夕，由三校相关领导和专业人员成立了合校财务工作小组，达成“实质性合并，一步到位”的原则共识，并对原三校的财务管理规定、办法、规章、工作程序、开支范围和标准等进行收集和清理，研究其异同，为统一新重大的财会制度做准备。
学校于2000年5月31日合校当天，即下发了“重庆大学关于合并调整期财务工作的暂行规定”。随后，于7月、9月分别下发了“关于财务合并过渡期间财务审批权限问题的通知”、“关于财务审批权限的补充通知”等文件，以规范三校合并及过渡期间的财经行为。
从有利于新重庆大学建设出发，按照“量入为出、收支平衡”的原则，对全校预算进行了调整，制订了合校调整预算，为合校后各项公共性支出作出资金安排。
成立校财经工作领导小组，并于2000年11月29日召开了合校后第一次财经领导小组会议，讨论审定了重庆大学财务管理体制、重庆大学财务系统组织机构及运行方式、重庆大学财务系统网络建设方案、重庆大学财会管理规定及办法（急需部分）。此次会议决定，从2001年1月1日起，三校区财会系统进行实质性合并，实行“五统一”：统一财经政策、统一预算管理、统一收支核算、统一业务处理程序、统一人员管理。
2.
健全财务管理体制，加强财会机构和队伍建设
2001
年，学校明确了“统一领导，分级管理，集中核算”的财务管理体制，清理并取消各二级单位开设的银行账户，纳入学校统一管理。
进行财务管理体制改革，调整财务机构设置。2001年，成立了计划财务处基建财务科，将基建财务纳入学校统一财务管理范畴；撤消学生财务科，成立学生助学贷款管理中心；2003年，撤消会计事务管理科，成立会计信息管理科；2006年，成立会计稽核科，加强财务内控体系建设。
加强财会队伍建设。截止2011年末，全校会计人员总数116人，其中研究生学历10人，大专以上学历80人，中级以上技术职称51人。强化财务知识培训宣传，每年进行财务人员继续教育培训。2008年，成功举行了首届财会知识竞赛，学校49个二级单位共计700余人次参与了两个阶段的竞赛。参与竞赛人员既有各单位财务负责人、财务人员，也有单位负责人、教学科研人员，达到了增强财务管理意识，普及财会知识的目的。2009年，印制发放“重庆大学财务办事指南”，普及宣传主要财务流程和注意事项，解答常见问题。2010年举行了第二届财会知识竞赛
3.
加强财务制度建设，规范财经秩序
2001
年6月，学校正式批准印发实施了“重庆大学财经制度（第一辑）”，该制度包括了“重庆大学财经管理规定”、“重庆大学收入分配管理办法”、“重庆大学经费支出管理办法”、“重庆大学预算管理办法”、“重庆大学收费管理办法”、“重庆大学教职工上下班交通补贴管理办法”、“重庆大学住房公积金管理实施办法”、“重庆大学货币资金管理办法”、“重庆大学往来款项管理办法”等10项制度规定，满足了合校后全校财经工作对财会制度建设的基本要求。此后，又应财会管理工作的急需，陆续出台了“重庆大学企业上缴资源占用费分配管理办法”、“重庆大学企业上缴经费收取办法”、“重庆大学关于学生缴费管理办法”等其它财会管理制度。
2003
年，针对国家审计署对学校进行全面审计以及国家七部委联合检查组对学校进行教育收费检查中存在的一些问题，修订完善了校内财经制度办法，包括“重庆大学会计核算制度”、“重庆大学科研经费管理办法”、“重庆大学科研项目结题结账及结余经费管理办法”、“重庆大学票据使用管理办法”、“重庆大学专项资金项目支出预算管理办法”、“重庆大学基金管理办法”等，进一步规范了学校财经工作秩序。
2006
年，制定下发了“重庆大学经济责任制”，明确了各级、各部门、各有关人员的经济责任，建立了“一级管好一级，一级带动一级，下级对上级负责，各级各负其责”的经济责任体制。
2007
年，按照财政部、教育部的统一部署和要求，学校对国库集中支付工作进行了积极的准备，制定了“重庆大学国库集中支付管理暂行办法”、“重庆大学国库集中支付会计核算实施方案”以及相关工作业务流程，组织了培训。从2007年7月起，国库集中支付工作在学校正式开始实施；同年，学校争取到重庆市学分制收费改革试点，全面清理学校服务性收费和代收费，制订出台了学分制收费标准和服务性收费、代收费标准，修订了“重庆大学差旅费管理办法”；学校开展了全校国有资产清查核实和资产损益处理工作。针对资产清查核实中反映出来的问题，提出了完善资产管理体制，规范资产管理制度和流程的方案和办法。
2008
年，对现有财务管理制度进行清理，完成了“重庆大学预算管理办法”、“重庆大学专项资金项目支出预算管理办法”等重要财务制度的修订，制定了“重庆大学接受社会捐赠（赞助）设立基金管理办法”、“重庆大学外国专家工资及生活待遇管理办法”等新的规章制度。
2009
年，修订制定了一批重要的规章制度，包括“重庆大学票据管理办法”、“关于进一步规范对外经济合同签订的规定”等。开展了“小金库”的专项治理检查工作，进一步规范校内财经秩序。
2010
年，出台一批重要规章制度，包括：《重庆大学中央高校基本科研业务费专项资金管理办法（试行）》、《重庆大学国家重点实验室专项经费管理办法（试行)）、《重庆大学科技成果转化收入管理实施细则》、《国家助学贷款工作考评及奖励实施办法（试行）》
2011
年，出台一批重要规章制度，包括：《重庆大学票据管理办法》、《重庆大学票据管理办法实施细则》、《来华留学生收入分配实施办法》、《重庆大学学生学费住宿费收费管理办法》、《关于加快国拨专项经费执行进度的通知》、《985工程”建设经费管理办法》、《985工程”专项经费使用与管理实施细则》。
4.
积极推行全面预算管理
2002
年，按照“明确目标，积极稳妥，充分论证，分步实施”的方针，根据中央部门预算改革的指导思想和方法，学校开始推行全面预算管理，实施了基本支出和项目支出的预算管理改革。
2003
年，开展专项资金项目库制度的试点工作。
2004
年，学校推行了二级单位部门预算编制改革，实行“二上”、“二下”的二级单位预算编报流程，将各二级单位的各项收支统一在一本预算之中。
2006
年，制订了财务管理绩效考评指标体系和实施办法，试行对校内各单位的经费管理和资金使用效益进行全面的分析评价。
2007
年，进一步改进和完善了二级单位预算编制方式，实行二级单位预算资金项目化、科目化管理，使二级单位预算与校级预算实现有机的结合。同时，对一些重要的、保障学校教学运行的项目提出了明确的指导性标准和最低保障标准，确保专项资金的专款专用。
2008
年，实行二级单位预算审批制度，严格校内单位收入资金项目化支出管理；修订和完善了绩效考评指标体系和考评办法，为全面推行财务绩效考评制度进行了积极的准备。
2009
年，推动预算信息化建设，在全国高校率先推出预算网上申报。
2010
年，加强预算执行控制，推动预算精细化管理，实行项目+科目的预算管理和预算执行的实时控制。
2011
年，调整构建更为科学合理的预算体系和架构，并对预算项目进行了重新归口整理和分类；全面实行项目库制度，并把项目库建设作为深化全面预算管理的重要手段，明确了项目申报、评审论证、预算批复、执行控制、绩效评价等业务流程和管理办法。开始建设全面预算管理系统，推动财务信息系统向决策支持系统的转变。
5.
采用先进技术手段，推进财务管理的信息化和网络化
2001
年，启用复旦天翼账务系统和学生收费管理系统，三校财务信息系统实现统一。
2002
年，财务网上查询系统开通，实现了财务信息查询服务由纸质数据向电子数据的重大转变，是财务公开和服务范围扩展的重要平台。
2003
年，工资管理系统升级完成，同时，网上查询系统新增工资信息查询模块。
2004
年，完成了财务系统的升级换代，项目编码由9位升为13位，项目大类和项目编码规则进行了重新划分和规范，为夯实财务管理基础工作，提高财务管理水平,进一步建设完善重庆大学财务信息系统奠定了坚实的基础。财务网上查询系统升级换代为财务高级管理平台，网上服务由仅提供数据查询升级为网上财务管理服务和应用。计划财务处综合信息网站建设完成正式对外开放，成为财务处对外服务和交流的窗口。
2005
年，进一步完善了财务管理网络化建设，初步完成了对公结算平台一期建设，包括经费卡管理系统、无现金报帐系统以及和科研处的集成数据接口等功能模块。网上缴费系统正式开始启用，给学生提供了更加轻松、快捷、安全的缴费方式，减轻了现场收费给学生和财务工作人员带来的压力。
2006
年，财务信息系统安全项目建设完成，包括防火墙、防病毒网关、安全审计系统等，极大地提升了财务信息系统网络安全和数据安全的防护水平。
2007
年，加快了财务信息系统的升级改造，全面推行和实施了经费卡管理系统，实现了科研劳酬额度的自动控制，同时，二级学院报账系统开始试点，实现了财务审核报账向部分学院的延伸。进一步完善网上缴费系统，在全国率先推出了银行批量网上缴费系统，取得了良好的效果。完成了国库集中支付后的系统升级，在全国高校首家实现了国库集中支付时支付令的系统自动生成，极大地提高了工作效率。
2009
年，建设完成了智能叫号系统、大屏幕综合显示系统、服务评价系统，改善了报账大厅的环境，提高了服务质量和服务水平。
2010
年，对财务机房进行改造，提高了财务机房的安全等级；推出财务信息发布平台，给老师提供主动式信息推送服务。
2011
年，部分新系统投入使用，提高了管理水平和工作效率，包括：新的助学贷款系统、、网上缴费平台、票据管理系统。
6.
建立了多校区财务管理模式
2004
年，按照“学校领导、职能延伸、校区统筹、条块结合”的虎溪校区管理模式，学校开展了虎溪校区投融资方案的论证起草工作，制订了详尽具体的投融资方案，确保了新校区建设的巨额资金需求。制定了“重庆大学虎溪校区建设财经管理暂行办法”和“重庆大学虎溪校区建设经费开支管理细则”，保证了建设资金的规范合理使用。按照全面预算管理及其项目管理规定，确定了虎溪校区财务管理模式，于2005年完成了虎溪校区预算管理及核算管理体系的建设，实现了财务委派和财务专网的延伸。
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